基因组测序不能作为独立的新生儿筛查工具

随着基因组测序的兴起,健康技术公司向父母寄予厚望,他们可以在新生儿中发现罕见的代谢紊乱,尽管其外观健康,但仍可能需要立即治疗。

现在,来自加州大学旧金山分校,加州大学伯克利分校和塔塔咨询服务公司的科学家们正在提供关于如何将测序叠层与旧的筛选技术-串联质谱法(MS / MS)结合起来的首次综合评估。因罕见疾病而出生,称为先天性新陈代谢错误。他们发现,单独使用测序时,序列会很短,缺少一些生病的婴儿,同时还会标记许多健康的婴儿进行不必要的后续测试。但是,在看起来可疑但未被MS / MS明确识别的情况下,排序仍然有用。

加州大学旧金山分校的儿科学教授,该研究的共同资深作者珍妮弗·帕克(Jennifer Puck)医学博士是这项研究的共同资深作者,该研究的共同作者于2020年8月10日发表在《自然医学》上。“但是没有严格的研究支持就声称测序是健康的关键。”

新生儿筛查的准确性至关重要。如果漏诊病例,重症婴儿将无法及时治疗需要紧急关注的疾病,例如苯丙酮尿症(PKU),如果不及时治疗,会导致认知障碍。但是,请健康的婴儿进行专家护理很浪费,并且使家人承受不必要的压力。

这项研究使用了一种称为全外显子组测序的技术来寻找78个基因的突变,这些基因已知与48个新陈代谢疾病有关,每个加利福尼亚新生儿均要进行筛查。这些疾病很少见,在加利福尼亚每年估计出生的大约50万婴儿中,约有150人受到影响,而且婴儿出生时没有迹象表明他们会生病。

由于筛查是针对无症状的个体(在这种情况下为新生儿),因此与将测序作为已经发现的医疗问题的患者的诊断辅助手段有很大不同。

“关于外显子组测序实用性的所有先前研究都是从已经在医生面前的患者开始的,换句话说,就是有问题的患者,” Puck说。“您首先要掌握一个线索,这是一个特别困难的人,然后您正在尝试查看是否有潜在的遗传原因。当您切换到筛查模式时,您没有任何线索。大多数新生儿看起来非常健康。”

先天性代谢紊乱为基准测试全外显子组测序的性能提供了独特的机会,因为它可以与加利福尼亚州自2005年以来一直使用MS / MS的成熟的新生儿筛查程序进行比较。已知是由有限的一组基因变化引起的,其中大多数已被鉴定。因此,当他们着手进行这项研究时,研究小组曾期望测序技术可能比该州的MS / MS筛选方法做得更好。

该州目前的方法是从婴儿的血液中寻找错误的线索。研究小组发现,干血斑是在出生时采集的,然后储存起来,可以在几年后用于分析DNA。这提供了对几乎所有出生在加利福尼亚州的先天性代谢错误的婴儿的全面了解-在研究期间(2005年7月至2013年12月)出生的近450万婴儿中,约有1,334名。

研究小组发现,标准的MS / MS筛查发现99%的代谢障碍婴儿,假阳性率仅为0.2%。但是全基因组测序仅能发现88%,在最终被诊断出患有代谢疾病的1,334名加州婴儿中,约有160名失踪,而每年错误地识别出约8,000名婴儿需要由代谢病专家进行紧急评估。

科学家们说,测序方法的缺点可能有多种原因。

加州大学旧金山分校人类遗传研究所和加州大学伯克利分校植物与植物学系成员,第一作者Aashish Adhikari博士说:“这些都是经过充分研究的单基因疾病,但这并不意味着我们已经找到了与它们相关的所有基因。”微生物生物学。“可能涉及其他基因,以及可能限制我们仅根据DNA序列预测疾病的能力的其他生物学和环境因素。”

 

 

 

 

文章转自基因谷