患者:医生,一厚本基因检测报告,重点在哪儿,怎么解读?

 

基因检测成为一个行业,也就10来年时间,但是,在可期的未来,基因检测报告也会像手机一样,人人必备。

 

  这里,有一个显而易见的痛点。一份昂贵的检测结果,许多人是看不懂的。所以患者会问,“医生,一厚本基因检测报告,重点在哪儿,怎么解读?”

 

1、基因检测

基因检测分“医疗级基因检测”和“消费级基因检测”,两者的差别就像真车和玩具车的差别,这里不做过多解释。

 

医学必然进入“一个人一种治疗方法”的个性化治疗时代,人们叫它“精准治疗”。因此,精准诊断应运而生,从DNA上寻找治疗疾病的方法。

 

DNA的检测多种多样,如ARMS、Super-ARMS、ddPCR、qPCR和NGS(Next-generation sequencing,二代测序)等。其中NGS方法因为灵敏性高,多基因平行检测等优点,被广泛认可。

 

一份NGS的医疗级检测并不便宜,而且一份NGS报告少则几十页,多则上百页,对于患者来说,就是一本厚厚的“天书”

 

当遗传咨询师还未成为一个行业的时候,我们通过压缩信息,知道了核心要点,也能掌握了8成信息。

 

2、一份基因检测报告

患者通过行使知情权和选择权,决定做基因检测,然后签署知情同意书,并提供了血液、组织等样品,检测就开始了。

 

样本经过质控等一些列处理,以数据的形式从测序仪下机后,解读工作就开始了。当然,从基因碱基序列到突变列表,有大量复杂的生信流程,了解一下就行,不是重点。

 

这里是重点,一份基因检测报告,分4部分内容:

 

1.基本信息,包含姓名、日期、疾病、样本类型、检测项目等;

 

2.检测结果,通常是一页纸,清晰给出本次检测的核心内容。根据指南与共识,结合基因检测结果,提供对应的临床治疗方案与用药指导,还有一些针对遗传基因咨询的检测报告,会给出遗传风险和建议;

 

3.检测详情,它是一份检测报告的详细解析,通常多达几十页,详细解释了突变的基因是融合,还是缺失,或者插入等,解析靶向药物、免疫药物、化疗药物、还有遗传以及未知临床意义的突变等等。

 

4.附录,包含检测基因列表,质控信息,参考文献等。

 

3、靶向药物

肿瘤靶向药物因为效果好,副作用小,成为一线用药。基因检测的核心目的就是寻找靶向药物,包括已上市或在研的。目前,在用的靶向药物有近百种,在研的临床药物也有数千种。
因为,作用在同一靶点的靶向药物很多,所以我们在拿到基因检测报告时,会看到一个基因突变靶点对应多个靶向药物药的情况,这种情况该怎么办?
2017年,美国临床肿瘤学会(ASCO)和美国病理学家协会(CAP)联合发表了癌症突变解读指南与共识,将基因突变分为4个等级:

A级:可用于FDA批准或专业指南中推荐药物治疗的突变;

 

B级:用于预测药物反应或耐药性的大型临床试验证据或专家共识推荐的突变;

 

C级:FDA批准用于其他肿瘤的治疗或多个小型临床试验中治疗的突变;

 

D级:临床前研究或多个个案报道支持,可能具有临床意义的突变。

 

分级之后是专业部分,不但可以看到每个基因突变位点的意义,而且有对应药物的入组人群、治疗结果等详细信息。

 

一份报告的优劣,看详细注释部分,举例分析:

例1. 这个患者因为食管癌做了基因检测,报告显示检测到FGFR1基因发生了扩增,组织中拷贝数是2.2倍,转录本是NM_023110.2,变异解释:参与肿瘤的发生发展, 并可能增加细胞对成纤维细胞生长因子受体药物的敏感性。没有FDA或NMPA批准的药物,只有临床试验药物,患者可以申请入组临床试验,最后就是突变结果的个性化解读部分。

 

例2. 这个患者因为宫颈癌做了基因检测,报告显示检出PIK3CA基因。

 

第一,看突变形式:exon10 c.1633G>A p.E545K(可直译:PIK3CA基因的10号外显子上,第1633位的碱基由G突变为A,导致翻译的蛋白质的第545个氨基酸由谷氨酸改变为赖氨酸)。

 

第二,看推荐用药:该患者的宫颈癌因为没有FDA或NMPA批准的药物,所以就没有相关的A,B级证据,只有C级证据的药物依维莫司、西罗莫司等,最后就是突变结果的个性化解读部分。

 

4、免疫药物

免疫治疗绝对是未来的趋势,而且是未来最接近治愈肿瘤的方式。与靶向治疗区别很大,免疫治疗是调动自身免疫细胞对肿瘤进行杀伤。
例如,CAR-T治疗,一旦获益,将出现“拖尾效应”,患者有很大机会高质量长期存活。
基因检测报告中,有3个重要的免疫治疗指标:TMB、MSI、PD-L1
TMB:肿瘤突变负荷(tumor mutational burden),是肿瘤基因组中每百万个碱基(1Mb)范围内所含非同义体细胞突变的数量,TMB越高,患者越容易从免疫治疗中获益。
但是,TMB计算不是简单的数字大小,因为Panel的大小,突变过滤的条件均会影响TMB的数值。目前,行业内公认的 TMB 检测金标准是全外显子组测序( WES ),但考虑成本较高很难应用于临床检测。
所以,基因检测方,通过Panel测序算法与WES计算的TMB数值具有很高的一致性,来弥补TMB检测成本过高这个缺陷。但,并不是所有panel都适合测TMB。
国内,大部分基因检测公司的大panel检测,报告中都会有TMB结果,但没有说明计算的规则和阈值,准确性如何,给医生、患者造成了困惑。

TMB有时不一定能有效指导治疗,TMB高(TMB≥10)的患者对免疫治疗的反应也不一致,很多TMB低的患者对免疫治疗也有反应。国内已有专家提出共识,偏向TMB更可能是一个预后因子,而不是伴随诊断的biomarker。

 

MSI:微卫星不稳定,是由错配修复 (MMR) 基因发生缺陷引起的,与肿瘤的发生密切相关。我国每年可以指导约5,8万MSI-H的肿瘤患者进行免疫治疗。比如,医生常说的Lynch(林奇)综合症,一种可遗传的大肠癌,很多表现是微卫星不稳定。

 

MSI-H:微卫星高度不稳定,结直肠癌中微卫星高度不稳定(MSI-H)现象约占 15% ,这类患者运用PD-1治疗,比具有微卫星稳定(MSS) 特征的患者生存期更长。这也是 FDA 批准该疗法治疗 MSI-H 实体瘤患者的根本原因。

 

PD-L1:程序性死亡受体1配体,‍它在肿瘤中的表达与食管癌,胰腺癌和其他类型癌症的存活率降低相关,突出了该途径作为免疫治疗的靶标。

 

 

重要指标TPS:肿瘤细胞阳性比例分数,任何强度PD-L1膜染色阳性肿瘤细胞数/ 肿瘤细胞总数X100%;

 

重要指标CPS:综合阳性分数,(PD-L1膜染色阳性肿瘤细胞+PD-L1阳性肿瘤相关免疫细胞)/肿瘤细胞总数量X100;

 

5、附录-可信性保证

基因检测不仅仅能指导靶向治疗、免疫治疗。还可指导放疗、化疗,以及预测遗传风险等。
一份基因检测报告的末尾,样本的全流程质控非常重要,因为,“准确性”是基因检测的红线。
首先,罗列检测基因列表,300个、500个、还是1000个,告知我们检测了什么样的基因。
其次,质控信息列表,往往有3部分:病理质控、核酸质控、结果质控。
病理质控:根据患者提供的手术组织、穿刺组织、石蜡切片等,确定检测的样本是否合格。质量参数是肿瘤细胞含量,肿瘤细胞的含量会影响突变丰度,并最终影响阳性突变阈值的判定,一般要求肿瘤细胞的含量要>10%,如果肿瘤细胞含量过低,会造成漏检和假阴性。
核酸质控:质量参数是核酸的提取量和降解程度,不同检测机构的核酸需求量不同,没有统一标准。如果样本包埋操作失误,或存放不当造成了样本核酸的降解,就会影响最终的检测质量。
测序深度:指测序得到的碱基总量与目标区域的大小比值,基因检测的准确性,与测序深度密不可分,有效测序深度过低容易造成假阴性或假阳性。
当然有效测序深度越深,成本越高,技术要求越严格。注意区别测序深度和有效测序深度,因为只有有效测序深度下的数据才是用于突变分析的数据。
结果质控:要求所有质控参数均在合格范围内,只有这样,检测结果才可信。仍有部分检测机构未对核心质控提供参数标准,未来希望所有的检测机构够能够重视质控。

6、相信科学

最后,在可预见的未来,基因检测会越来越普及,价格越来越廉价,人人都会做。当大多数人拿到一份基因报告,往往无异于一本“天书”,所以,抽丝剥茧,抓住核心、看要点,也能快速了解,欢迎咨询。

 

 

文末不厌其烦的说,相信医生,相信科学。

 

 

 

 

文章转自基因谷   来源于饭范而谈 ,作者七八五六